Setelah mencapai kemerdekaan, Tentera Laut Diraja Malaya telah menukar rekaan panji dengan meletakkan bendera persekutuan pada canton panji. Bendera Malaya atau Persekutuan Tanah Melayu ketika itu hanya mempunyai bintang pecah sebelas dan sebelas jalur mewakili 9 buah negeri Melayu dan Pulau Pinang dan Melaka. Bendera persekutuan juga digunakan sebagai jack kapal-kapal TLDM.

Apabila pembentukan Malaysia terzahir pada 1963, panji TLDM sekali lagi bertukar. Bendera persekutuan Malaysia kini mempunyai bintang pecah 14 dan bilangan jalur juga ditambah menjadi 14.